مهمترین بخش کنترلی روی محصول نهایی انجام آزمایشات میکروبی بر روی محصول می باشد.از آنجاییکه هر محصول دارای یک فلور میکروبی طبیعی است، لذا کنترل این طیف میکروبی و نگه داشتن آن در حدود پذیرش مستلزم رعایت موارد کنترلی لازم در برنامه های پیش نیازی و اصول اولیه بهداشتی در تولید محصول می باشد. آزمایشات میکروبی لازم بر روی محصول نهایی شامل موارد ذیل است: شمارش کلی میکروبی،سالمونلا،اشریشیا کولی،کلستریدیوم پرفری جنس،استافیلوکوکوس آرائوس،کلیفرم و کپک و مخمر